
La deuxième Intifada, également connue sous le nom dIntifada Al-Aqsa, éclata le 28 septembre 2000, en réaction à la visite dAriel Sharon, alors chef de lopposition Likoud, sur lEsplanade des Mosquées à Jérusalem. Cette visite, approuvée par le gouvernement dEhoud Barak, qui ne bénéficiait plus dune majorité à la Knesset, provoqua une explosion de colère parmi les Palestiniens. Le lendemain, les premiers heurts éclatèrent, sans aucune directive centrale. L'Intifada se militarisa à partir du début novembre 2000.
A la différence de la première Intifada, le nouveau soulèvement est dominé par des actions armées contre larmée israélienne, les colons et les Israéliens vivant à l'intérieur de la "Ligne Verte" (frontière entre l'Israël et les Territoire Palestiniens avant 1967). Cette fois, des affrontements limités et violents éclatent aux limites des zones palestiniennes autonomes, aux abords des colonies juives, et aux postes de contrôle de larmée. Alors que la première Intifada était caractérisée par une mobilisation civile de masse, lIntifada actuelle est une insurrection qui repose sur la participation dune minorité.
Dès le départ, le Fatah prit la tête du soulèvement, et un haut comité national et islamique fut créé pour coordonner lactivité de tous les groupes. Cependant, aujourdhui, le parti dArafat ne contrôle plus entièrement la révolte (ou ne veut plus la controler), de plus en plus caractérisée par des opérations menées par le Hamas et le Jihad Islamique.
Si le gouvernement dEhoud Barak avait déjà mis en uvre dénormes moyens contre lIntifada, larrivée au pouvoir dAriel Sharon en février 2001 intensifia considérablement la répression. Celui-ci généralisa la politique de « liquidation » des activistes palestiniens, notamment par de nombreuse attaques ciblées extrajudiciaires, et multiplia incursions et raids en zones autonomes palestiniennes. Les militants palestiniens du Hamas, du Jihad Islamique et des Brigades al-Aqsa (proches du Fatah), de leur côté, lancèrent des opérations kamikazes à travers les villes israéliennes, la plupart du temps dans des bus ou restaurants.
Les Etats-Unis, à la tête des efforts internationaux visant à calmer les violences, chargèrent lenvoyé George Mitchell de remettre un rapport denquête sur le soulèvement, alors que le directeur de la CIA George Tenet tenta de négocier un cessez-le feu. Aucune des initiatives ne déboucha sur un arrêt des affrontements.
Loffensive massive du printemps 2002, nommée opération Rempart et ripostant à la vague dattentats suicides qui fit de nombreux morts au début de lannée, prit comme cible principale toutes les structures de lAutorité Nationale Palestinienne et son chef Yasser Arafat. Sharon avait décidé de rendre le leader palestinien « insignifiant ».
La « Feuille de Route » pour la paix présentée par le « Quartette » (Etats-Unis, Russie, Union européenne et Nations-Unies) le 30 avril 2003 et qui prône la solution des deux états indépendants, est linitiative officielle la plus récente visant à mettre fin au conflit. Arafat et Sharon se sont tous deux engagés à mettre en uvre le plan de paix, mais jusquici limpasse politique se poursuit, et les perspectives de paix semblent chaque jour plus éloignées.
Le nombre de morts depuis le début de la deuxième Intifada sélevait à 4.046 en mai 2004, dont 3.057 Palestiniens et 918 Israéliens. Après quatre ans d'Intifada, un fossé profond s'est creusé entre les deux populations, qui rendra difficile le retour à la paix.